Γεννήθηκε στην Αθήνα, αλλά ο πατέρας του, ο δικηγόρος και πολιτικός Ιωσήφ Κούνδουρος, κρητικός από ατέλειωτες γενιές, δεν ανέχονταν ο γιος του να πολιτογραφηθεί Αθηναίος. Τον μετέφερε στην Κρήτη, τυλιγμένο σε μία πάνα, ώστε να γραφτεί στα δημοτολόγια του Αγίου Νικολάου
Σκηνοθέτης και σεναριογράφος, από τους κορυφαίους έλληνες κινηματογραφιστές. Ιδιαίτερα με τις ταινίες του «Μαγική Πόλις» (1954) και «Ο Δράκος» (1956), έφερε ένα φρέσκο αέρα στο κλίμα της γενικής μετριότητας που επικρατούσε στο χώρο του ελληνικού κινηματογράφου, κατορθώνοντας ν’ αναδείξει την «κρυμμένη» από το επίσημο κάδρο ελληνική πραγματικότητα, μετά την Κατοχή και τον Εμφύλιο Πόλεμο. Σκηνοθέτησε συνολικά 11 ταινίες μυθοπλασίας, που κατέκτησαν πολλές διακρίσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
Ο Νίκος Κούνδουρος γεννήθηκε στην Αθήνα το 1926. Ο πατέρας του, ο δικηγόρος και πολιτικός Ιωσήφ Κούνδουρος (1885-1942), κρητικός από ατέλειωτες γενιές, δεν ανέχονταν ο γιος του να πολιτογραφηθεί Αθηναίος. Τον μετέφερε στην Κρήτη, τυλιγμένο σε μία πάνα, ώστε να γραφτεί στα δημοτολόγια του Αγίου Νικολάου, στις 15 Δεκεμβρίου 1926.
Σπούδασε ζωγραφική και γλυπτική στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών, από την οποία αποφοίτησε το 1948. Την περίοδο της Κατοχής εντάχθηκε στο ΕΑΜ και κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου Πολέμου εξορίστηκε στη Μακρόνησο, λόγω των αριστερών φρονημάτων του.
Μετά την αποφυλάκισή του αποφάσισε ν’ ασχοληθεί με τον κινηματογράφο και το 1954 σκηνοθέτησε την ταινία «Μαγική πόλις», με την οποία επιβλήθηκε αμέσως ως ένας ταλαντούχος και πρωτότυπος σκηνοθέτης. Η ταινία, που εκπροσώπησε την Ελλάδα στο Φεστιβάλ της Βενετίας, καταπιάνεται με τη ζοφερή πραγματικότητα της μετεμφυλιακής Ελλάδας και τα προβλήματα των απλών ανθρώπων τού λαού.
Με το νεορεαλιστικό της ύφος, προαναγγέλλει την επόμενη ταινία του με τίτλο «Ο δράκος» (1956), η οποία μέχρι και σήμερα παραμένει μία από τις πιο σημαντικές δημιουργίες του ελληνικού κινηματογράφου. Ο ήρωάς του, ένας απλός υπαλληλάκος που η ομοιότητά του με έναν επικίνδυνο καταζητούμενο της αστυνομίας τον σπρώχνει στο να ζήσει μία σύντομη, αλλά έντονη εμπειρία, εκφράζει τη μοναξιά και την αποξένωση του μικροαστού σε μία καταπιεστική, χωρίς κανένα διέξοδο, κοινωνία, που ο σκηνοθέτης καταγράφει με ένα στυλ που ισορροπεί με επιτυχία τα νεορεαλιστικά στοιχεία με εκείνα του εξπρεσιονισμού.
Με τις δύο αυτές ταινίες του ο Κούνδουρος είναι ο πρώτος έλληνας σκηνοθέτης που «μπολιάζει τον κινηματογράφο με την εικαστική αντίληψη του πλάνου», όπως επισημαίνει ο συγγραφέας Γιάννης Σολδάτος και σηματοδοτεί την έναρξη της καλλιτεχνικής ιστορίας του ελληνικού κινηματογράφου.
Το 1958 ακολουθούν «Οι παράνομοι», που περιγράφουν τη φυγή μιας ομάδας ανταρτών στο τέλος του εμφυλίου πολέμου. Η ταινία συμμετείχε στο Φεστιβάλ του Βερολίνου το 1959, όπου έλαβε εξαιρετικά θετικά σχόλια από κριτικούς και κοινό, ενώ την επόμενη χρονιά προβλήθηκε από το BBC.
Το 1959 γυρίζει την τέταρτη ταινία του «Στο Ποτάμι», όπου αφηγείται διάφορες ιστορίες με επίκεντρο ένα ποτάμι των βόρειων συνόρων της χώρας και με στόχο την καταγγελία τού πολέμου και της παράλογης καταστροφής. Η προσπάθειά του, όμως, να αφηγηθεί τις ιστορίες του αυτές με ένα παράλληλο μοντάζ αντιμετωπίζει την αντίδραση του αμερικανού συμπαραγωγού του, που επεμβαίνει και ξαναμοντάρει την ταινία σύμφωνα με τις δικές του απαιτήσεις, καταστρέφοντας έτσι την αρχική σύλληψη του σκηνοθέτη.
Το 1963 υπογράφει τις «Μικρές Αφροδίτες» σε σενάριο του Βασίλη Βασιλικού, μία ταινία με κύρια χαρακτηριστικά τον έντονο ερωτισμό και την πλαστική ομορφιά των εικόνων. Τον ίδιο χρόνο, η ταινία κατακτά το βραβείο σκηνοθεσίας και καλύτερης ταινίας στο Κινηματογραφικό Φεστιβάλ Βερολίνου, βραβεία καλύτερης ταινίας, σκηνοθεσίας, μουσικής και κριτικών στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης, καθώς και το Βραβείο της Διεθνούς Ένωσης Κριτικών Κινηματογράφου.
Το 1967 γυρίζει την τολμηρή ταινία «Πρόσωπο της Μέδουσας», η οποία έμεινε ημιτελής λόγω της αναχώρησης του Κούνδουρου από την Ελλάδα, την επομένη του πραξικοπήματος των συνταγματαρχών. Αργότερα, η ταινία ολοκληρώθηκε στην Ιταλία και παρουσιάστηκε με τον τίτλο «Vortex».
Μετά την πτώση της δικτατορίας και την επιστροφή του στην Ελλάδα, υπογράφει το μουσικοπολιτικό ντοκιμαντέρ «Τα Τραγούδια της Φωτιάς» (1975) για την πτώση της χούντας και το 1978 το «1922», μία ταινία με θέμα τη Μικρασιατική Καταστροφή, βασισμένη στο μυθιστόρημα του Ηλία Βενέζη «Το νούμερο 31328».
Η ενασχόλησή του με θέματα της ελληνικής ιστορίας συνεχίζεται και στις δύο επόμενες ταινίες του: Το «Μπορντέλο» (1984) αφηγείται την ιστορία της Ρόζας Βοναπάρτη (της περιβόητης «Μαντάμ Ορντάνς» του Αλέξη Ζορμπά) και των «κοριτσιών» της, στην Κρήτη την περίοδο του αγώνα για την απελευθέρωσή της και ο «Μπάιρον: Μπαλάντα για έναν δαίμονα» (1992) εκτυλίσσεται στο επαναστατημένο Μεσολόγγι του 1824, όταν καταφθάνει εκεί ο Λόρδος Βύρων.
Το 1998 παρουσιάζει την ταινία «Οι Φωτογράφοι», μία σύγχρονη αφήγηση της τραγωδίας του Σοφοκλή «Αντιγόνη» και το 2012 την τελευταία του δημιουργία «Ένα πλοίο για την Παλαιστίνη», μία ταινία πολιτική και επίκαιρη, αγγλικής παραγωγής, σε δικό του σενάριο. Είχε, επίσης, σκηνοθετήσει τα τηλεοπτικά ντοκιμαντέρ: «Ιφιγένεια εν Ταύροις», «Αντιγόνη» και «Ελληνιστί Κύπρος».
Το 1998 εκδόθηκε το βιβλίο του «Stop Carré», με μακέτες, σχέδια και φωτογραφίες από τα πρόσωπα, τα σκηνικά και τα κοστούμια των ταινιών του. Το 2009 κυκλοφόρησε η αυτοβιογραφία του, με τίτλο «Ονειρεύτηκα πως πέθανα».
Ο Νίκος Κούνδουρος πέθανε στην Αθήνα στις 22 Φεβρουαρίου 2017, σε ηλικία 90 ετών.