(Εικόνα των Χανίων του 17ου αιώνα, δημιουργία του J. Peeters)
Σαν σήμερα, στις 22 Αυγούστου του 1645, η πόλη των Χανίων έπεφτε στα χέρια της οθωμανικής αυτοκρατορίας, που άρχιζε έτσι την κατάκτηση της Κάνδιας, όπως ονομαζόταν την εποχή εκείνη η Κρήτη. Μετά από 24 χρόνια, στα τέλη του Σεπτέμβρη του 1669, με την παράδοση της πρωτεύουσας του νησιού, του Χάνδακα, ολοκληρωνόταν η κατάκτηση του νησιού, που θα απελευθερωνόταν από τον τουρκικό ζυγό 229 χρόνια αργότερα, μετά τις σφαγές του Ηρακλείου, στις 25 Αυγούστου 1898.
Στην τουρκοκρατούμενη Ανατολή η Κρήτη ήταν η μοναδική χριστιανική περιοχή το πρώτο μισό του 17ου αιώνα. Η Κύπρος είχε κατακτηθεί το 1570 ενώ οι άλλες ελληνικές περιοχές ήταν ήδη υπό την κυριαρχία του σουλτάνου. Η αφορμή που δημιούργησε η ίδια η οθωμανική αυτοκρατορία για να εισβάλλει στην Κρήτη ήταν ένα περιστατικό που θεωρήθηκε ως πρόφαση για την τουρκική πλευρά, που αναζητούσε κάποιο τρόπο να πατήσει το πόδι της στο Βασίλειο της Κάνδιας. Τον Αύγουστο του 1644 οι Ιωαννίτες Ιππότες της Μάλτας συνάντησαν και κατέλαβαν κοντά στην Κρήτη ένα τουρκικό πλοίο το οποίο μετέφερε προσκυνητές στη Μέκκα. Σύμφωνα με τους ισχυρισμούς των Τούρκων, το πλοίο και οι αιχμάλωτοι οδηγήθηκαν στα Χανιά. Η οργή της Υψηλής Πύλης βασίστηκε στη φήμη ότι σ’ αυτό επέβαινε η βασιλομήτωρ της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, η βαλιδέ σουλτάνα, όπως ονομαζόταν. Όμως αυτό ακριβώς ήταν το εφεύρημα των Τούρκων, καθώς το σκάφος για τη Μέκκα είχε το όνομα «Σουλτάνα» και δεν επέβαινε η βαλιδέ σουλτάνα. Στην υπόθεση αυτής της πειρατείας ενέπλεξαν άμεσα την Κρήτη, βρίσκοντας την αφορμή και τον τρόπο να επιτεθούν και να κατακτήσουν το νησί.
Το καλοκαίρι του 1645 μια μεγάλη δύναμη 50.000 ανδρών, με εκατοντάδες πλοία έφυγε για την Κρήτη, την οποία οι Ενετοί είχαν αφήσει ουσιαστικά χωρίς άμυνα, καθώς, εξαιτίας της οικονομικής κρίσης που μάστιζε τη Δημοκρατία, στο νησί είχε παραμείνει ελάχιστος μισθοφορικός στρατός. Η απόβαση των Τούρκων έγινε στις 23 Ιουνίου στην ακτή κοντά στη μονή Κυράς Γωνιάς. Τα Χανιά, με ελάχιστους αλλά ηρωικούς υπερασπιστές, αγωνίστηκαν ηρωικά, αλλά παραδόθηκαν στις 22 Αυγούστου 1645.
Ακολούθησε το Ρέθυμνο στο οποίο οι Τούρκοι αποβιβάστηκαν στις 2 Ιουλίου 1646, καταλαμβάνοντας περιοχές της υπαίθρου. Στην πόλη του Ρεθύμνου επιτέθηκαν στα τέλη Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου και η παράδοσή της έγινε στις 13 Νοεμβρίου.
Αμέσως μετά οι δυνάμεις κινήθηκαν προς τον Χάνδακα, και έφτασαν κοντά στην πόλη την άνοιξη του 1647, στοχεύοντας όμως πρώτα στην κατάληψη των γύρω περιοχών. Μετά από ένα χρόνο ολόκληρη η ύπαιθρος είχε καταληφθεί.
Ο ίδιος ο Χάνδακας έπεσε στα χέρια της οθωμανικής αυτοκρατορίας στις 26 Σεπτεμβρίου 1669, δηλαδή μετά από πολιορκία 22 χρόνων, ίσως την πλέον μακροχρόνια στην ιστορία.
